微生物是指个体难以用肉眼观察的一切微小生物之统称，包括:细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保、体育等诸多领域。在我国教科书中，将微生物划分为以下8大类:细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次氏体、支原体、衣原体、螺旋体。根据存在的不同环境分为空间微生物、海洋微生物等，按照细胞机构分类分为原核微生物和真核微生物。
菌落总数、大肠菌群、大肠杆菌、霉菌、酵母菌、金黄色葡萄球菌、溶血性链球菌、霉菌、酵母、副溶血性弧菌、乳杆菌计数、大肠埃希氏菌计数、大肠菌群、蜡样芽胞杆菌、大肠埃希氏菌O157：H7/NM、单核细胞增生李斯特氏菌、沙门氏菌、食品微生物、乳酸菌等
